Pas shpalljes së Pavarësisë së Shqipërisë, Qeveria Shqiptare bëri organizimin administrativ të sanksionuar në “Kanunin e Administratës Civile të Shqipërisë” të shpallur më 22 nëntor 1913. Territori u organizua në tetë prefektura dhe krahina përkatësisht Berati, Dibra, Durrësi, Gjirokastra, Elbasani, Korça, Shkodra dhe Vlora.
1925 – 1944
Në këto vite Prefektura ishte njësia më e madhe e Qeverisjes Vendore e drejtuar nga Prefekti, i cili emërohej nga Ministri i Brendshëm dhe aprovohej nga Kryeministri e më pas nga Mbreti.Prefekti kishte funksione ekzekutive. Këshilli Administrativ i Prefekturës përbëhej nga shefat e zyrave dhe nga disa anëtarë të zgjedhur nga populli për dy vjet.
1945 – 1993
Pas vitit 1944, prefekturat u ruajtën si njësi administrative deri më 1947. Nocioni administrativ “Prefekturë” nuk u aplikua më për rreth 45 vjet. Forma e organizimit me prefektura u rivendos përsëri në vitin1992, me miratimin e ligjit “Përprefekturat”, datë 22.09.1992. Më datë 26.07.1993 Këshilli i Ministrave nxori vendimin për ndarjen dhe krijimin e 12 prefekturave në vend.
2016 – nëvazhdim
Aktualisht veprimtaria e Institucionit të Prefektit bazohet në Ligjin Nr.107, datë 27.10.2016 “PërPrefektin e qarkut”